1966 yılında Malatya'da doğdu. Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesini bitirdi. Sırasıyla Ulus Kaymakamlığı, Çelikhan Kaymakamlığı, Küre Kaymakamlığı, Batman Vali Yardımcılığı, Datça Kaymakamlığı, Beypazarı Kaymakamlığı ve Lüleburgaz Kaymakamlığı görevlerinde bulundu. 04.08.2020 tarihinden itibaren Çukurova Kaymakamlığı görevini sürdürdü.
Ağustos 2023 kararnamesi ile İstanbul Vali Yardımcılığına atandı.
Mustafa KAYA, evli ve üç çocuk babasıdır.